1912. májusában szentelték lelkésszé, és még ez év nyarán kiutazott Kelet-Afrikába, a Kilimandzsáróhoz közeli Arusába. Először a masszái nyelv elsajátításhoz fogott hozzá. Sietnie kellett, mert a már ott levő munkatársa szabadságra készült, és neki kellett átvennie a misszió vezetését. Igen sok külső támadásnak volt kitéve, ám a legnagyobb veszélyt nem a helyiek jelentették számára. Pedig igen sok gondja támadt mind a bennszülöttekkel, mind az ott élő európaiakkal. Két év múlva egyre különösebb hírek kezdtek érkezni felőle: a lelki munkát folyamatosan elhanyagolta, végül pedig önkéntes szolgálatra jelentkezett a kelet-afrikai német gyarmati hadsereghez. Felettesei megpróbálták jobb belátásra bírni, ám fáradozásaikat nem koronázta siker.
A missziói munka tovább folyt, de most már Roth Henrik nélkül. Sajnos, a húszas évek elején sorozatos nehézségek keserítették meg a misszionáriusok életét, és csak nagy áldozatvállalások árán tudtak fennmaradni. Roth Henrik ugyanakkor végleg „elveszett a misszió számára”. Mindössze annyi hír érkezett felőle, hogy 1915-ben a szövetségesek fogságába esett – ettől kezdve teljesen nyoma veszett.
Sajnos, Roth Henrik esete (amelyhez párosult Hermann Adolf kudarca is) alaposan megtépázta a MAHEM tekintélyét. Többen is értetlenül álltak a történtek fölött. Annál inkább, mivel nemcsak, hogy éveken keresztül támogatták tanulását, majd kiutazását, hanem ezzel egyidejűleg a külmisszió ügye is elveszettnek tűnt. Az adakozókedv látványosan hanyatlott, miközben a vezetőség soriban belső villongások támadtak.
A helyzetet tovább nehezítette az elveszített háború, az ezt követő nagy gazdasági válság, de még inkább az a lélekölő bibliai racionalizmus, amely egyre inkább „szétzilálta” a történelmi protestáns egyházak sorait. Isten azonban ebből a mélységből is mutatott kiutat, így néhány év múlva már újabb magyar misszionáriusok indultak el távoli missziói mezőkre, hogy hirdessék Krisztus evangéliumát az ott élő népeknek.
